税務調査の基本的な流れを説明します。

納税者又は税理士に、税務署の調査担当者から税務調査の日程調整の連絡が入ります。
調査担当者と日程調整を行いますが、無理に税務署の日程に合わせる必要はありません。ご自分の仕事の状況を考えながら調整したください。
この時点で当事務所にご依頼可能です。

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日程が決まると、改めて調査担当者から①調査の開始日時②開始場所③調査対象税目④調査対象期間などが事前通知があります。
また、調査担当者が誰なのかも説明があります。１人のときと２人のときがあります。ベテランと若手という組み合わせもあります。事務所に調査担当者が来るのは２日間程度が普通です。調査の状況に応じてい短くも長くもなります。
なお、調査の日程決まっていても、合理的な理由があれば日時の変更を求めることができます。

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調査当日です。通常10時頃に調査官が事務所にきます。１時間程度は雑談などしますが、調査官はこの時間も納税者の様子を細かく観察しています。いきなり帳面を出してくださいとは言いません。昼食時間はきっちり１時間はとり16時くらいには税務署に帰ります。

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1日又２日間、税務調査を実施します。
しかし、ここ調査が終わることは稀です。調査担当者は現場で収集した資料と税務署が保有する資料の突合、取引先への反面調査、銀行への取引状況の確認を行うための銀行調査等々を行い、納税者が提出した確定申告書が正しいか判断します。この間は納税者と接触することが減り、1か月くらいはかかると思ってください。

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一通り確認が終わったところで、納税者又は税理士に対し調査結果の説明が行われます。
納税者が提出した確定申告書に誤りがあれば、その誤りの内容について説明があります。税務署からの指摘に誤りがなければ、修正申告書を提出することになります。
ちなみに、提出した確定申告書に誤りがなければ、後日、誤りない旨の通知書が郵送されます。

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修正申告書を提出したら、追加で納付すべき税額を納税します。その後、税務署から加算税及び延滞税の通知が郵送されますので、こちらも納税します。これで一通り税務調査は終了です。

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調査終了後は、税務調査における指摘事項を整理し、今後同じような誤りを繰り返さないよう改善していく必要があります。